Bu sistemde her millet, kendi dinî liderleri ve kurumlarıyla kendi eğitim, hukuk (kişisel hukuk), ibadet gibi alanlarını büyük ölçüde kendi kurallarına göre yönetebilmiştir. Bu sayede Rum, Ermeni, Yahudi gibi topluluklar yüzyıllar boyunca kendi kimliklerini kaybetmeden Osmanlı çatısı altında yaşamışlardır.